מדור קרנות אחראי על הקמת והפעלת המערכת החשבונאית של הקרנות לסוגיהן:
צמיתות, מיועדות, מלגות ופרסים, הלוואות, קתדראות, מחקר כלליות, מחקר לגמלאים,
מחקר לחברי סגל קליניים, כנסים, מעבדות, אחזקת כלי רכב, מענקי חוקרי קמ"ע וקרנות פיתוח (רכוש קבוע ומקרקעין).
בנוסף, המדור אחראי על המעקב והבקרה התקציבית של הקרנות (סעיפי 3.....), על הכנת דוחות כספיים וניהוליים לגורמים חיצוניים ולגורמים פנימיים וכן מכין את ניירות העבודה לקראת עריכת הדוחות הכספיים השנתיים בתחום הקרנות המיועדות (קרנות, מחקרים, פרויקטים מיוחדים) וקרן הנכסים.
בין תפקידיו העיקריים:
רישום ודווח התרומות לייעודן המתאים.
חישוב והקצאת ריבית תקופתית לקרנות הצמיתות .
הקצאת הקצבות שנתיות למופקדי הקתדראות בהתאם לאישור הועדה המנהלת.
הקצאת הקצבות שנתיות לקרן מחקר של חברי הסגל הגמלאים.
הקצאת הקצבות שנתיות לקרן מחקר של חברי הסגל הקליני.
חישוב והעמסת תקורות בתקציבי הקרנות, המחקרים והפרויקטים המיוחדים.
אחזקה וניהול המערכת הרב מטבעית של הקרנות, המחקרים והפרויקטים המיוחדים.
סגירת תקציבי המחקר והעברת עודפיהם לקרנות הכלליות של סגל החוקרים.
טיפול במענקי חוקרי קמ"ע
רישום העברות כספיות ופנימיות בין תקציבי הקרנות, המחקרים, הפרויקטים המיוחדים והתקציב השוטף.
אישורי תקציב בגין שימושי הקרנות (סעיפי ......3 ) בתחום העסקת עובדים וסטודנטים,
מלגות ושכר לימוד לתארים מתקדמים, פרסים, הוראות תשלום, השתלמויות ונסיעות
לחו"ל, הבאת אורחים, רכישת ספרים דרך הספרייה, הזמנות רכש, מכירת שירותים, טלפוניה ואחרות.
ניהול, החזקה וחישוב הוצאות עודפות של מצבת כלי הרכב של האוניברסיטה.
הכנת דוחות כספיים לגורמים פנימיים וחיצוניים.