אגף הכספים מטפל בפעילות הכספית ובפעילות הרכש המתבצעת באוניברסיטה מתוך מטרה לשמר את המשאבים הכספיים, לנהל את הפעילות הכספית ולבצע רכש ביעילות המירבית ובעלות המיטבית, תוך שמירה על איכות, זמינות המידע ובקרה על המסגרת התקציבית.
באגף שתי מחלקות: מחלקת חשבות ומחלקת רכש והספקה
שני מדורים: מדור גזברות, מדור השתלמויות ונסיעות חו"ל
מנהל השקעות ויחידת הביטוח.
האגף מקפיד לפתח באופן שוטף את המערכות הממוחשבות ככלי לפעילויותיו השונות ולהיות בחזית הטכנולוגית בשימוש במערכות מידע, בכדי לתת את המענה והשרות הטובים ביותר ללקוחותיו הפנימיים והחיצוניים.
