ראשיתה של אוניברסיטת בן-גוריון בנגב ב"מכון להשכלה גבוהה בנגב", שנוסד בשנת 1964 על-ידי קבוצה מתושבי באר שבע, במטרה לקדם ולפתח את הנגב, המונה היום כ-9% מתושבי המדינה. קבוצה זו ביקשה להקים באזור מרכז לתרבות ולמדעים, אשר יעודד התפתחותה של חברה מודרנית, משכילה וטכנולוגית.
בסתיו 1969 הכריז שר החינוך והתרבות רשמית, על הקמת אוניברסיטת הנגב, ובדצמבר 1973 עם מותו של דוד בן-גוריון, הוסב שמה ונקראה אוניברסיטת בן-גוריון בנגב.
ב-1964 החלו הלימודים במדעי הביולוגיה. שנה לאחר מכן, ב-1965, במדעי ההנדסה ובמדעי הרוח והחברה, וב-1970 בגיאולוגיה ובמדעים המדויקים.
בשנת 2002 נפתח קמפוס אוניברסיטת בן-גוריון באילת במסגרתו פעילויות של הפקולטה למדעי הרוח והחברה, בית הספר לניהול ומרכז ללימודים קדם-אקדמיים.
שנת הלימודים הראשונה נפתחה בהשתתפות 50 תלמידים. בשנת תשס"ד הגיע מספר תלמידי האוניברסיטה לכ-17,000, מהם כ-11,000 לתואר ראשון.
חלקם הגדול של התלמידים הם תושבי באר-שבע וסביבתה, אך רבים מגיעים ממרכז הארץ ומצפונה. חלק מציבור התלמידים הם מורים במוסדות חינוך באזור. רבים מועסקים במפעלים בסביבה, הן בתפקידים מנהליים והן כאנשי מקצוע.
קריית האוניברסיטה שהוחל בהקמתה בשנת תשל"ג מאכלסת כיום את מרבית פעילויות ההוראה. יחד עם זאת, חלק קטן מפעילות האוניברסיטה עדיין מרוכז במשכנה הישן של האוניברסיטה, בקרית טוביהו.
אוניברסיטת בן-גוריון בנגב הוסמכה על-ידי המועצה להשכלה גבוהה להעניק תואר "בוגר", תואר "מוסמך" ותואר "דוקטור לפילוסופיה" בפקולטה למדעי הטבע, בפקולטה למדעי ההנדסה, בפקולטה למדעי הבריאות ובפקולטה למדעי הרוח והחברה ובבית-הספר לניהול. 