ההנדסה הביורפואית כמקצוע רב-תחומי עוסקת ביישום הידע ההנדסי והמדעי לפתרון בעיות בתחומי הביולוגיה והרפואה. בין אם מדובר באבחון או בטיפול, בשימוש במחשבים או רובוטים, בעידוד מנגנונים טבעיים או בשימוש באברים מלאכותיים, ידע רב-תחומי הוא הבסיס למחקר ופיתוח בתחום ההנדסה הביורפואית. בעשורים האחרונים נעשתה הרפואה בארץ ובעולם משופעת במערכות טכנולוגיות שנועדו לסייע לרופאים בעבודתם. תכנון, בנייה, הפעלה ואחזקה של מערכות אלו, מצריך מידע בסיסי בשני התחומים: הנדסה ורפואה.
תלמידי המחלקה מקבלים השכלה הנדסית רחבה וידע עדכני ומעמיק בביולוגיה ורפואה והם מיועדים להשתלב ולהוביל בצוותי מחקר ופיתוח באוניברסיטאות ובחברות הייטק, ולעסוק בפיתוח ותפעול מערכות הנדסיות בבתי חולים. הלימודים במחלקה להנדסה ביורפואית מתקיימים במסגרת משולבת של הפקולטה למדעי ההנדסה והפקולטה למדעי הבריאות. הלימודים כוללים מקצועות יסוד, הנדסה וביורפואה.
לימודי התואר הראשון מקנים ידע בסיסי רחב ברמה הגבוהה ביותר במקצועות המתמטיים, ההנדסיים, והרפואיים. בשנה השלישית הסטודנטים בוחרים אשכול התמחות: עיבוד אותות או ביומכאניקה ומתחילים להתמקצע במקצועות בחירה. בשנה הרביעית מבוצע פרויקט גמר באוניברסיטה, בתעשייה או בבית חולים. הפרויקט כולל לימוד ויישום הידע בנושא נבחר בהנדסה ביורפואית.
לאורך הלימודים הקורסים התיאורטיים מלווים בקורסים בעלי מרכיבים מעשיים, כולל קורסים בתכנות C ו MATLAB, ומעבדות הוראה כלליות וספציפיות לאשכול התמחות.
על מנת להוסיף ולהעמיק בתחום העניין של הסטודנט, המחלקה מעודדת תלמידים מצטיינים לבחון השתלבות במחקר במחלקה כבר בשנה השלישית ללימודיהם על ידי לימוד קורס בהנחיה אישית של חבר סגל בנושאים מתקדמים בהנדסה ביורפואית, ו/או על ידי ביצוע פרויקט מחקרי בשנה ד' בהנחיית חבר סגל ו/או במסלול ישיר לתואר שני שתחילתו בסוף שנה ג'. בחלק ממסלולים אלה מתאפשרת לתלמידים מצטיינים גמישות יתר בקורסי הבחירה והם מוזמנים להתייעץ בנושא עם יו"ר ועדת הוראה ועם כל אחד מחברי הסגל במחלקה.