תואר שני
ההתקדמות במדע מותנית בקיום עקבי ובלתי פוסק של מחקר הכולל איסוף נתונים, ניתוח הידע הקיים, העמדת התיאוריות המדעיות במבחן המידע החדש שמצטבר והצעת תיאוריות חדשות. המחקר הוא גולת הכותרת של העיסוק המדעי והוא מגדיר את חזית הידע. ההתנסות במחקר היא בעלת חשיבות עליונה בחינוך לחשיבה עצמאית, יצירתית וביקורתית ולהצמחת דור חדש של חוקרים.
קיימות במחלקה אפשרויות מגוונות להשתלבות ועיסוק במחקר במסגרת לימודי המוסמכים. כל סטודנט חייב לבחור מנחה ולבצע עבודת מחקר להשלמת הדרישות לתואר מתקדם.
תוכנית הלימודים לתואר שני כוללת קורס חובה בשיטות אנליטיות ושני קורסי בחירה מתוך הקורסים הניתנים על ידי חוקרי המחלקה. שאר הקורסים מוגדרים בתיאום עם המנחה.
במהלך הלימודים מתקיים סמינר שבועי קבוע שבו מוזמנים מרצים אורחים והמהווה קורס חובה לכל תלמיד ללימודי מוסמכים. במסגרת הקורס נדרש כל תלמיד לתת הרצאה סמינריונית המסכמת את עבודת המחקר שלו.
תואר שלישי
הלימודים ועבודת המחקר לקראת התואר "דוקטור לפילוסופיה" לתלמידי מחקר במחלקהלהנדסה ביורפואית יהיו במסגרת בית הספר ללימודי מחקר מתקדמים ע"ש קרייטמן ובהתאםלתקנות ולסדרי הלימודים המפורטים בתקנון האקדמי של אוניברסיטת בן- גוריון בנגב.