ב- 21 למרץ 1973 החליטה המועצה להשכלה גבוהה בישראל (המל"ג) בראשות שר החינוך דאז יגאל אלון על הקמתו של בית ספר לרפואה , הרביעי בישראל, במסגרת אוניברסיטת בן גוריון בנגב ובשיתוף עם שרותי בריאות כללית (קופת החולים הכללית) והמרכז הרפואי סורוקה. יוזמי הקמת בית הספר היו פרופ' חיים דורון, מנכ"ל קופת החולים הכללית ופרופ' משה פריבס נשיא אוניברסיטת בן גוריון בנגב. ההחלטה על הקמת בית הספר נפלה על חודו של קול, יגאל אלון – בעד. 9 בעד 8 נגד 3 נמנעים בעד הקמת בית הספר. הקול המכריע היה של שר החינוך יגאל אלון שתמך ביוזמה. החלטת אלון בעד הקמת בית הספר סיימה מהלך רב שנים בו לקחו חלק אנשי העיר באר שבע בראשות דוד טוביהו, ראש העיר, שפעלו רבות להקמת האוניברסיטה ובית הספר לרפואה בו.
פרופ' דורון ופרופ' פריבס, מייסדי בית הספר והפקולטה, בסיועם של פרופ' אשר סגל, מומחה לחינוך רפואי מבוסטון, פרופ' דן בנור, רופא משפחה, שעיצב תכנית לימודים חדשנית, הכוללת חשיפה של הסטודנטים לעבודה הרפואית, החל משנתם הראשונה, פרופ אהרון אנטונובסקי, סוציולוג של הבריאות בעל שם עולמי, שהביא עמו ראיה הוליסטית וחדשנית של הקשר שבין הרופא למטופל ופרופ' שרגא סגל ממכון וייצמן שייסד את החטיבה למדעי היסוד בפקולטה.
המייסדים שמו לעצמם כמטרה לחנך דור חדש של רופאים ומומחים במקצועות הבריאות בעלי גישה אנושית ורגישה יותר לחולה, המתייחסת גם לסביבתו ולמשפחתו בטיפול בו יחד עם שאיפה למצוינות במחקר ובעבודה הרפואית- בריאותית.
באופן מיוחד ביקשו מייסדי בית הספר לרפואה שבפקולטה לחנך ולהכשיר רופאים בעלי התייחסות ורגישות קהילתית גבוהה. עקרונות אלו באו לידי ביטוי בתכנון תכנית הלימודים ומבנה בית הספר.
אופי תנאי הקבלה לבית הספר, הכנסת תכני מדעי החברה וההתנהגות בלימודים הפרה קליניים, שיטות למידה כמו Problem based learning והכנסת המפגש הקליני משנתו הראשונה של בית הספר ובכך לקיים למידה שהיא Patient oriented, היוו רק חלק מהתוכניות כיצד ליישם את החזון הזה.
בבניית תכנית הלימודים, ננקטה גישה מקיפה שביסודה היחס לקהילה לא נמדד רק בהיבט רפואי, אלא גם בהיבטים חברתיים כגון מבנה חברתי, מעמד סוציו-אקונומי ותוכניות חינוכיות .
תקוות המייסדים הייתה כי בוגר בית הספר לרפואה ירכוש יכולות לזהות את האתגרים הבריאותיים וחברתיים של הקהילה סביבו מעבר לעקרונות הטיפול הרפואי ויהווה עמוד תווך חינוכי לאוכלוסייה בה הוא חי על מנת לשפר את בריאותם. בית הספר לרפואה בשנותיו הראשונות התעצב תוך כדי תנועה ונעשתה חשיבה מחודשת ובנייה מחודשת של התכנים על מנת לעמוד ביעדים אלו.
במהלך שנות קיומו של בית הספר לרפואה הוטבע מושג המתאר את אופיו הייחודי – "רוח באר שבע". משג זה חובק בתוכו את האופי המוכוון לקהילה של בית הספר ויותר מזה, של התלמידים הלומדים בו. בשנתו השנייה של בית הספר הוקמה גם אגודת סטודנטים לרפואה אסר"ן אשר לקחה על עצמה בנוסף לתפקידיה כאגודת סטודנטים, לתמוך ולסייע בהטמעת יעדי בית הספר הלכה למעשה גם בפעילותם החברתית של הסטודנטים ומעורבותם בקהילה.
משפט הפתיחה של פרופ' פריבס, דיקן בית הספר לרפואה בפני הסטודנטים ביולי 1974 במעמד פתיחת בית הספר בא להבהיר את מקומם הייחודי של הסטודנטים בבית הספר לרפואה החדש וביעדיו העתידיים - "לא יהיה "אתה" ו"הם" בבית הספר הזה, אלא רק "אנחנו" ". מעורבות הסטודנטים בבית הספר החדש כללה את עיצוב הקורסים הנלמדים, את מישוב איכות ההוראה ואת לקיחת האחריות על בית הספר והקהילה, בית הספר "שייך" להם באותה מידה .
בשנת 1978 הפך בית הספר לרפואה יחד מחלקות מדעי היסוד ובתי הספר לסיעוד ולפיזיותרפיה לפקולטה למדעי הבריאות הכוללת תחת גג אחד את כל מקצועות הבריאות והמחקר הרפואי- בריאותי.
בשנות ה-80, קיבלו בתי הספר שפעלו בפקולטה את אישור המועצה להשכלה גבוהה ללימודים לתארים גבוהים (מסטר ודוקטורט) ובשנות ה-90 נוספו מחלקות ללימודים מתקדמים באפידמיולוגיה ובריאות הציבור ונחנך המרכז לחינוך רפואי על שם פרופ' משה פריבס.
לקראת שנת 2000, הרחיבה הפקולטה את פעילותה האקדמית ונפתחו מחלקות ללימודי המעבדה הרפואית, גרונטולוגיה, רפואת חרום, ניהול מערכות בריאות ונוסד בית הספר לרפואה בינלאומית בשיתוף עם בית הספר לרפואה של אוניברסיטת קולומביה ניו יורק, ארה"ב. בראשית שנות 2000 ניפתח בפקולטה בית ספר לרוקחות.
בשנת 2014, במלאת לבית הספר לרפואה 40 שנים ועם סיום שלושה עשורים לפעילותה של הפקולטה למדעי הבריאות ניסגר המעגל הראשון של חזון מייסדי בית הספר לרפואה והפקולטה עם היבחרו של פרופ' עמוס כץ, בוגר המחזור הראשון של בית הספר לרפואה לדיקן הפקולטה.
