מועצת העובדים, המכונה גם "ועד העובדים" היא הגוף המייצג את חברות וחברי הסגל המנהלי והטכני בעניינים שוטפים, כלליים ואישיים הנוגעים לתנאי עבודתם.
כמו כן מועצת העובדים משמשת כבא כוח מוסמך של ההסתדרות החדשה במקרים של סכסוכי עבודה, המועצה מסונפת להסתדרות החדשה ופועלת תחתיה בהתאם לחוקת ההסתדרות. מועצת העובדים מגנה על זכויות העובדים על פי חוק, מקפידה על מימוש זכויותיהם המעוגנות בהסכמי עבודה חתומים, קיבוציים ומקומיים. בנוסף, מועצת העובדים משקיעה מאמצים רבים לפעולות תרבות ורווחה לעובדים ולבני משפחותיהם.
חברי מועצת העובדים הינם עובדות ועובדי אוניברסיטה ממחלקות שונות אשר נבחרים אחת לשלוש שנים לכהן במועצה. חברי המועצה מבצעים את עבודתם בהתנדבות על מנת להיטיב את תנאי עבודתם של העובדים, תוך שמירה על ביצוע חוקת העבודה, הנהלים והסכמי העבודה.
