במסגרת התכנית ללימודי מגדר מתבצעים מספר מחקרים רב-תחומיים וחלוציים בהיקפם ובשיטות המחקר שלהם אשר מתאפשרים הודות לתמיכה של קרנות מחקר כגון הקרן הישראלית למדע (ISF) ומשרד המדע. המטרה המרכזית של מחקרים אלו היא לקדם את חקר המגדר והמיניות בישראל ולעודד ולטפח חוקרות וחוקרים צעירים בתחומים אלו.
בין הפרויקטים המתבצעים בתכנית ללימודי מגדר
מארג- מאגר מנגנונים ומוסדות לקידום נשים, פמיניזם ומגדר בישראל 1970-2018 - תוצר של פרויקט מחקר שנערך במסגרת התכנית ללימודי מגדר באוניברסיטת בן-גוריון בנגב ובתמיכת משרד המדע (מענק 66567) על ידי ד"ר שרי אהרוני וד"ר יעל חסון. המחקר כלל תיעוד היסטורי ייחודי ומיפוי של כל המנגנונים והמוסדות לקידום זכויות נשים, פמיניזם ושוויון מגדרי שהוקמו ופעלו בישראל מאז הופעת הפמיניזם של הגל השני בשנות השבעים. במאגר אשר פתוח לציבור מופיעים כמעט 600 ארגונים, גופים ממשלתיים, עמותות או שירותים קהילתיים והוא כולל אפשרויות לחיפוש על פי תחומי פעילות, סוגי פעילות, קהלי יעד ואזור פעילות.