המחקר באוניברסיטת בן-גוריון בנגב מקיף את כל תחומי המדע, תוך דגש על תחומים בהם יש לאוניברסיטה יתרונות יחסיים, כולל ננוטכנולוגיה חדשנית, רובוטים אוטונומיים, קלינטק, ביוטכנולוגיה וביו-אינפורמטיקה, לצד תחומים מסורתיים יותר במדעי הרוח והחברה.
לאוניברסיטה מסורת ארוכה של מחקר פורץ דרך בתחומי האנרגיה החלופית, ניהול משאבי מים, פיתוח בר-קיימא של אזורים צחיחים והנדסה סביבתית.
האווירה הפתוחה באוניברסיטת בן-גוריון בנגב מעודדת חילופי רעיונות וחשיבה מקורית ומשרתת את המחקר הבין-תחומי המתבצע במוסדות המחקר הלאומיים באוניברסיטה וביותר מ-60 מרכזי המחקר הבין-תחומיים שבה. אלה והמעבדות המתקדמות באוניברסיטה מושכים חברי סגל צעירים ומבריקים להצטרף למשפחת האוניברסיטה.
הרישום למכונים ולמרכזי המחקר מתבצע דרך המחלקות האקדמיות.
