הסטודנט נדרש ללמוד קורסים בהיקף כולל של 24 נק''ז ולעשות עבודת מחקר מקורית ועצמאית בהיקף של 12 נק''ז נוספות. היקף העבודה ייקבע על ידי המנחה. כל חבר סגל בעל תקן מלא מהפקולטה למדעי הנדסה באוניברסיטה בן-גוריון יכול להנחות את הסטודנט בעשיית תזה. ניתן ליצור קשר גם עם מרצה שמלמד ביחידה אך אינו חבר סגל באוניברסיטה, בתנאי שהנחיית הסטודנט תיעשה בשילובו של חבר סגל מהיחידה. ההתקשרות עם המנחה הפוטנציאלי היא באחריות הסטודנט. היחידה תסייע ככל שניתן במציאת המנחה אך אינה יכולה להתחייב על כך. בחירת נושא ומנחה תיעשה עד תום סמסטר ראשון ללימודים לתואר.
כללים מפורטים יותר על מסלול עם תזה ניתן למצוא בשנתון הפקולטה למדעי ההנדסה.
