סטודנטים במסלול עם תזה ובמסלול משולב לדוקטורט יכולים לקבל מלגות קיום ופטור משכר לימוד משלוש מקורות – תקציב שוטף של האוניברסיטה, תקציב מחקר, ומלגות אישיות. רק הסטודנט שאינו עובד כלל, או עובד במשרה שהיקפה כמה שעות שבועיות, יכול לבקש סיוע כספי.
ניתן לקבל עד לפטור מלא משכר לימוד וסיוע שנמדד במנות. שווי כל מנה לסטודנט לתואר שני הינו 351 ש''ח, ולתואר שלישי 462 ש''ח.
סיוע מתקציב האוניברסיטה מטופל באמצאות הגשת טפסי בקשה למלגה ישירות לראש היחידה. תאריך הגשת הבקשה מפורט באתר הפקולטה. היקף המלגה ייקבע על ידי ראש היחידה בהתאם לאמצעים העומדים לרשות היחידה וההישגים האקדמיים של הסטודנט. אין התחייבות האוניברסיטה לממן את הלימודים של כל סטודנט שמבקש מלגה, אולם ההחלטה על אי-מתן מלגה אינה סופית. אם חל שיפור משמעותי בהישגיו של הסטודנט, יוכל כעבר שנה לחזור על בקשתו.
היה ובמהלך הלימודים הציון הממוצע לתואר של מקבל המלגה ירד מתחת ל- 85, או התקבל דיווח שלילי של המנחה, תופסק המלגה. במקרים קיצוניים של הפסקת לימודים מיוזמת הסטודנט וללא סיבה מוצדקת, האוניברסיטה עלולה לדרוש את כספי הסיוע חזרה.
סיוע מתקציבי המחקר (מלגות חוזיות) מטופל על ידי המנחה ובדרך כלל מוסכם בין המנחה לבין הסטודנט טרם החל הסטודנט את עבודת המחקר.
מלגות אישיות הן באחריות הסטודנט ומטופלות באמצעות הגשת טפסי מלגה ישירות לקרן מממנת (ות''ת וכו'), או באמצעות הגשה לגוף בתוך האוניברסיטה. פרטי הגשה ניתן למצוא בגוף קול קורא.