היחידה להנדסת אנרגיה מציעה לימודים לתואר שני
(M.Sc.) והשלישי (Ph.D.). זכאי לקבל תואר שני בהנדסת אנרגיה הינו סטודנט שסיים בהצלחה קורסים בהיקף של 36 נקודות זכות (נק''ז). כל קורס מתוכנית הלימודים מזכה בכמות הנק''ז הזהה לכמות שעות הוראה פרונטאלית בשבוע. כך, למשל, קורס שניתן פרונטאלית במשך 3 שעות בשבוע במהלך הסמסור מזכה ב 3 נק''ז. הקורסים כוללים קורסי חובה בהיקף של 12 נק''ז ומגוון קורסי בחירה. בנוסף לקורסים שניתנים ביחידה, סטודנט רשאי לקחת, במסגרת הנק''ז, עד שני קורסים מתכנית לימודים של מחלקות ויחידות אחרת של הפקולטה למדעי ההנדסה
של אוניברסיטת בן-גוריון, באישור וועדת מוסמכים יחידתית. על מנת לסיים את התואר, על הסטודנט לבחור מסלול עם תזה, מסלול ללא תזה, או מסלול משולב לדוקטורט.
קורסי השלמה, במידה ונקבעו, אינם נכללים במניין הנק''ז לתואר.
רוב הקורסים ניתנים בשעות אחרי הצהריים והערב, וזאת על מנת לאפשר לסטודנטים שעובדים במשרה מלאה לסיים את התואר מבלי להפסיד ימי העבודה.
פרטים לגבי לימודים לתואר שלישי ניתן לקבל בבית הספר ללימודי מחקר מתקדמים ע"ש קרייטמן.
