• 1965: פרס עיריית חולון לספרות יפה (על "ארצות התן").

  • 1966: בוגר מחזור ל"ה באוניברסיטה העברית בהצטיינות.

  • 1976: פרס ברנר (על "הר העצה הרעה").

  • 1978: פרס זאב לספרות ילדים (על "סומכי").

  • 1978: עיטור האנס כריסטיאן אנדרסן לספרות יללדים (על "סומכי").

  • 1983: פרס ברנשטיין לספרות יפה (על "מנוחה נכונה").

  • 1984: קצין מסדר האומנויות והספרות של הרפובליקה הצרפתית.

  • 1985: סופר השנה של מועדון "לוטוס" בניו-יורק.

  • 1986: פרס ביאליק לספרות יפה (על מכלול יצירתו).

  • 1988: פרס פמינה לרומאן הזר הטוב ביותר שהופיע בצרפת ב-1988 (על "קופסה שחורה").

  • 1988: פרס וינגייט (לונדון) (על "קופסה שחורה").

  • 1988: דוקטור-כבוד מטעם ההיברו יוניון קולג', סינסנאטי וירושלים.

  • 1988: דוקטור-כבוד מטעם ווסטרן ניו-אינגלנד קולג', ספרינגפילד, מסאצ'וסטס.

  • 1992: דוקטור-כבוד מטעם אוניברסיטת תל-אביב.

  • 1992: פרס השלום הבינלאומי של יריד הספרים בפרנקפורט, מטעם איגוד המו"לים של גרמניה.

  • 1993: פרס "לוכס" לספרות ילדים בגרמניה (על "סומכי").

  • 1993: פרס "המורה" לספרות ילדים בצרפת (על "סומכי").

  • 1994: פרס מוריס א' סטילר לספרות, מטעם האוניברסיטה העברית של בולטימור, מרילנד.

  • 1997: תואר "אביר לגיון הכבוד" הוענק על ידי נשיא צרפת, ז'אק שיראק.

  • 1997: פרס "הקוברה הכחולה" הוענק בשוויץ ל"פנתר במרתף".

  • 1998: דוקטור-כבוד מטעם אוניברסיטת ברנדיס, מאסאצ'וסטס, ארה"ב.

  • 1998: פרס ישראל לספרות תשנ"ח  יובל מדינת ישראל.

  • 1999: נבחר לחבר-כבוד בסנט-אן קולג', אוקספורד.

  • 1999: "מיכאל שלי נבחר ע"י חבר השופטים ומועדון הקוראים של הוצאת ברטלסמן הבינלאומית כאחד ממאה הרומאנים הגדולים של המאה ה-20.

  • 1999: "מיכאל שלי" נבחר לאחד מבין הספרים הזרים הטובים ביותר בסין.

  • 2002: פרס "חופש הביטוי" מטעם איגוד סופרי נורבגיה.

  • 2002: "עיטור הסובלנות" הבינלאומי, מטעם המועצה האקונומית של פולין.

  • 2003: "פרס ויצו צרפת" לספרות ישראלית (על "אותו הים").

  • 2003: "פרס השלום של קרן האחים קורן וגרסטנמאן" (גרמניה).

  • 2004: פרס "פראנס-קולטור" (צרפת) על "סיפור על אהבה וחושך".

  • 2004: פרס אובידיוס מאיגוד הסופרים של רומניה, עבור כתיבתו הספרותית ופעילותו למען השלום.

  • 2004: פרס קטלוניה הבינלאומי על מפעל-חיים (יחד עם סרי נוסייבה).

  • 2004: פרס הספרות הבינלאומי של "די-וולט"  (ברלין) על "סיפור על אהבה וחושך".

  • 2004: פרס בינלאומי לאוטוביוגרפיה "ויחאס קון מי קואדרנו" (ספרד) על "סיפור על אהבה וחושך".

  • 2004: פרס סנדרו אונופרי לספרות מטעם עיריית רומא, על "סיפור על אהבה וחושך".

  • 2004: פרס לומבארדיה לשלום, מטעם מושל לומבארדיה (הוענק במילאנו).

  • 2005: פרס ברונו קרייסקי לספרות פוליטית (וינה) על "סיפור על אהבה וחושך".

  • 2005: מפקד במסדר האמנויות והספרות של הרפובליקה הצרפתית".

  • 2005: פרס לספרות "קורת" (ארה"ב) על "סיפור על אהבה וחושך".

  • 2005: פרס גתה על מפעל-חיים בספרות ובמסה, עם דגש על סיפור על אהבה וחושך (פרנקפורט).

  • 2005: פרס עגנון של עיריית ירושלים על "סיפור על אהבה וחושך".

  • 2005: פרס וינגייט (לונדון) על "סיפור על אהבה וחושך".

  • 2005: לחבר כבוד של אגודת הסופרים ההלנית (יוון).

  • 2005: פרופ' אמריטוס מטעם אוניברסיטת בן-גוריון בנגב.

  • 2006: דוקטור-כבוד מטעם הסמינר התיאולוגי היהודי (ניו-יורק).

  • 2006: פרס הספר היהודי (על סיפור על אהבה וחושך).

  • 2006: דוקטור כבוד מטעם האוניברסיטה העברית בירושלים.

  • 2006: דוקטור כבוד מטעם מכון ויצמן.

  • 2006: פרס הספר הבינלאומי (ארה"ב) על "סיפור על אהבה וחושך".

  • 2006: פרס אירופה (ברלין).

  • 2006: פרס קורינה (מינכן, גרמניה) על מפעל חיים.

  • 2007: חבר האקדמיה האמריקאית לאמנויות ומדעים.

  • 2007: מדליית אמברוג'ינו ד'אורו מטעם עיריית מילאנו.

  • 2007: איש השנה של מוזיאון תל-אביב לאמנויות.

  • 2007: פרס גרינצאנה קאבור (איטליה).

  • 2007: פרס נסיך אסטוריאס (ספרד).

  • 2007: צלב כבוד של הרפובליקה הפדראלית  הגרמנית מטעם נשיא גרמניה.

  • 2007:  אות המגיד מטעם האיגוד העולמי ליהדות מתקדמת.

  • 2007: אזרחות לשם כבוד של העיר פורדנונה (איטליה).

  • 2008: פרס שאפאן היים מטעם עיריית חמניץ (גרמניה).

  • 2008: פרס היינריך היינה מטעם עיריית דלסדורף (גרמניה).

  • 2008: פרס דן דוד על מפעל חיים (אוניברסיטת תל אביב).

  • 2008: תואר דוקטור לשם כבוד מאוניברסיטת אנטוורפן.

  • 2008: פרס פרימו לוי (ג'נובה).

  • 2008: פרס יוליסס (קורסיקה).

  • 2008: הענקת תואר דוקטור בפילוסופיה לאות כבוד מטעם אוניברסיטת בן-גוריון בנגב.

  • 2009: פרס לזכר יונאס וייס (שבדיה)

  • 2010: פרס יריד הספרים בבודפשט (הונגריה) על ספרו "חרוזי החיים והמוות".

  • 2010: "עמית-כבוד" של מוזיאון ישראל (חודש אייר, תש"ע, ירושלים).

  • 2010: פרס The Prix Mediterrannee.

  • 2010: פרס הקוראים בפסטיבל טורינו.

  • 2010: פרס ספרותי על שם זיגפריד אונסלד, גרמניה.

  • 2010: תואר ד"ר לשם כבוד, אוניברסיטת סיינה לזרים.

  • 2010: פרס הקוראים בפסטיבל טורינו.

  • 2010: פרס נאפולי (על "תמונות מחיי הכפר").

  • 2010: תואר ד"ר לשם כבוד, אוניברסיטת סיינה לזרים.

  • 2011: דוקטור לשם כבוד, אוניברסיטת מלבורן.

  • 2011:  "אותו הים" מועלה בתיאטרון (בתל אביב) ובאופרה (בארי, איטליה). 

  • 2012: פרס ג’וזפה די למפדוזה תומאזי (איטליה) (על "הר העצה רעה").

  • 2012: דוקטור לשם כבוד מטעם אוניברסיטת בוקרשט.

  • 2002-2012: "סיפור על אהבה וחושך" מתורגם ל-29 שפות, זוכה בעשרה פרסים בתשע מדינות ונמכר בלמעלה ממיליון עותקים. 

  • 2013: תואר ד"ר לשם כבוד מטעם אוניברסיטת לודג', פולין.

  • 2013: פרס קפקא, פראג (על יצירה "בעלת אופי הומניסטי ושיש בה תרומה לסובלנות תרבותית, לאומית, לשונית ודתית").

  • 2013: פרס ניומן לספרות לשנת תשע"ד, מטעם האוניברסיטה העברית בירושלים.