תוכנית הלימודים בנויה ממסלול ארבע שנתי,  והיא משלבת לימודים עיוניים במדעי הטבע ומדעי החברה, לימודים במדעי היסוד הרפואיים והפיזיותרפיה ולימודים קליניים ייחודיים למחלקה בתחום השיקום האורתופדי, נוירולוגי, גריאטרי, נשימתי, לב-וכלי דם, ילדים ופגיעות ספורט.
 
השנה הראשונה מוקדשת בעיקרה ללימוד מדעי היסוד של מקצועות הבריאות. השנה השנייה והשלישית מוקדשות בעיקר  ללימוד מדעי הרפואה בתחומי  האורתופדיה, כירורגיה, מחלות פנימיות, נוירולוגיה וילדים וכן מדעי הפיזיותרפיה (אמצעים וטכניקות טיפול בתחומים השונים) במטרה  להקנות את הכישורים הדרושים למקצוע (לרשות הסטודנטים עומדת כיתת תרגול משוכללת). השנה הרביעית מוקדשת כולה להתנסויות קליניות בבתי חולים ברחבי הארץ, מכונים לפיזיותרפיה, בתי חולים שיקומיים, ומרכזים להתפתחות הילד. ההתנסויות הקליניות, בנות ארבעה - שמונה שבועות, מתקיימות בחלקן מחוץ לאזור הנגב.​
 
בתום הסמסטר השני של שנה ד' מתקיים כנס הצגת עבודות גמר ופרויקטים במסגרתו  מציגים הסטודנטים את הפרויקטים האישיים.

 
ניתן לראות תכנית לימודים לדוגמה בשנתון.