מטרת המסלול הישיר לתואר MD/Ph.D להכשיר מספר מצומצם של תלמידים מצטיינים לקריירה המשלבת מחקר רפואי ברמה גבוהה עם פעילות קלינית מקבילה. בפקולטה למדעי הבריאות קיימת ועדה לענייני סטודנטים הלומדים לתואר MD/Ph.D . תפקיד הוועדה למיין את הסטודנטים ולקבוע  מסלולם על פי הקווים המנחים המפורטים מטה.

 תלמיד הלומד לתארים MD ו .Sc.Med.M- יודיע למזכירות תלמידי מחקר בתחילת הסמסטר הרביעי ללימודי המוסמך על כוונתו לעבור למסלול המשולב לתואר  phD התלמיד יגיש בקשה למעבר ל phD - הכולל דיווח על תוצאות מחקרו לתואר מוסמך כמקובל באוניברסיטה. היה ואושרה בקשתו על ידי ועדת D.Ph/MD ,המסלול המשולב של הפקולטה והועדה לתלמידי מחקר, יידרש התלמיד ליטול שלוש שנים רצופות נוספות חופשה מלימודי הרפואה. תכנית הלימודים תהיה לפי הכללים הנהוגים באוניברסיטה למסלול המשולב. הצעת המחקר לד"ר במסלול המשולב תוגש בתחילת שנת הלימודים הראשונה של ה .Ph.D  חובה על התלמיד יהיה לסיים את עבודת ה.Ph.D - ולהגיש את התזה לפני תחילת הסטאז'. החזרה ללימודי רפואה אינה אוטומטית וכרוכה בהסכמה של המנחה ושל ראש המסלול ל- MD/Ph.D.

התלמיד יהיה פטור מהגשת עבודת גמר לתואר MD בתנאי והשלים את חובותיו במסלול זה. התלמיד פטור מסבבים קליניים מחוץ לבאר שבע על פי החלטת איגוד הדיקנים בשנה ו' שלושה מבין תלמידי התוכנית יוכלו לבחור את מקום הסטאג' מבין בתי החולים המסונפים לבית הספר. אם בשנה נתונה יהיו יותר משלושה תלמידי MD/Ph.D הבחירה תיעשה על סמך הישגים אקדמיים בלימודי הרפואה.