אהרן אפלפלד נולד ב - 1932 ליד צ'רנוביץ (רומניה). את מראות השואה חווה בהיותו ילד צעיר. בראשית מלחמת העולם השנייה איבד את אמו, הוא ואביו הוגלו לטרנסניסטריה, ולאחר שהפרידו ביניהם נדד לבדו מכפר לכפר ברחבי אוקראינה עם קבוצות מגורשים. ב-1946 בהיותו בן חמש עשרה עלה אפלפלד ארצה במסגרת עליית הנוער. הוא התחנך בה שלוש שנים ושם החל לרכוש את השכלתו המסודרת. ב-1950 התגייס לצבא, לאחר גמר שירותו הצבאי למד באוניברסיטה העברית בירושלים, ספרות עברית וספרות אידיש.
ראשית כתיבתו - בעודו נער. שיריו הראשונים התפרסמו בעיתונות בשנים 1954-1955, וב-1959 הופיע סיפורו הראשון בכתב העת "גזית". רבות מיצירותיו משקפות את חוויותיו כנער בשואה או כצעיר ניצול שואה בישראל.
אהרן אפלפלד עבד באוניברסיטת בן-גוריון בנגב משנת 1979 עד פרישתו לגמלאות, וכיהן בה כפרופסור במחלקה לספרות עברית. מ- 1996 הוא חבר האקדמיה האמריקנית לאמנויות ולמדעים. הוא מחזיק בתארי דוקטור כבוד של האוניברסיטה העברית בירושלים, אוניברסיטת ברנדייס, אוניברסיטת בן גוריון בנגב, אוניברסיטת ת"א, אוניברסיטת בר-אילן, הסמינר התיאולוגי בניו-יורק, ישיבה יוניברסיטי וההיברו יוניון קולג'.
הוא זכה פעמיים בפרס אנה פרנק וב-1969 בפרס היצירה מטעם ראש הממשלה, וכן בפרס ביאליק, פרס ברנר (1975 - על ספרו כאישון העין) ופרס ישראל לספרות יפה ב-1983. בשנת 2004 זכה בצרפת בפרס מדיצ'י המכובד על ספרו - .סיפור חיים כמו כן, ממשלת צרפת העניקה לו את תואר הכבוד "מפקד במסדר הספרויות והאמנויות", בשנת 2005 זכה בפרס הספרותי הגרמני על שם נילי זקס. בשנת 2008 זכה בפרס Premio Grinzane Cavour האיטלקי. בשנת 2012 זכה לפרס עיטור האור לניצולי שואה, וכן זכה באותה שנה בפרס האקדמיה ללשון עברית.
אפלפלד הלך לעולמו ב 4 בינואר 2018 בגיל 85.