תואר ראשון
תכנית הב"א של המחלקה למחשבת ישראל מציעה מגוון של קורסים להרחבת הדעת ולקניית מיומנויות בקריאה במקורות התרבות העברית והמחשבה היהודית. תחומי הלימוד וההתמחות מתחלקים לארבעה מדורים
  • המדור לתלמוד והלכה.
  • המדור לפילוסופיה יהודית בימי הביניים.
  • המדור לקבלה, חסידות ומאגיה יהודית.
  •  המדור להגות העת-החדשה.

תוכנית הלימודים של שנה א'  כוללת קורסי מבוא במדורים השונים וכן קורס במיומנויות מחקר במחשבת ישראל.
תוכנית הלימודים של שנה ג כוללת שני סמינרים מתקדמים.
במחלקה למחשבת ישראל עומדים לבחירתכם שלושה מסלולי לימודים:
  • מסלול מחלקה ראשית (80 נק"ז) – מיועד למי שמבקשים להתמחות במחשבת ישראל כתחום ראשי.
  • מסלול דו-מחלקתי (54 נק"ז) – מיועד למי שמבקשים לשלב את לימודי מחשבת ישראל עם תחום התמחות נוסף במדעי הרוח או מדעי החברה. מסלול חטיבה (28 נק"ז) – מיועד למי שמתמקדים בתחום לימודים אחר ומבקשים להעשיר את עולמם בתחום הידע של מחשבת ישראל.
תואר שני
הלימודים לתואר שני במחשבת ישראל מתנהלים בשני נתיבי לימוד: נתיב מחקרי נתיב כללי 
 משך הלימודים בנתיב הכללי, על הסטודנטים לסיים את חובות השמיעה ולהיבחן בבחינת גמר בתום השנה השנייה ללימודים.
בנתיב המחקרי, על הסטודנטים לסיים את חובות השמיעה ולהגיש את עבודת הגמר לשיפוט עד תום השנה השנייה ללימודים (לא יאוחר מתום תקופת השינויים של השנה העוקבת).
הנתיב המחקרי מיועד לסטודנטים המעוניינים בפיתוח יכולת מחקרית והעמקת הידע בתחום התמחותם. לימוד בנתיב זה מאפשר המשך לימודים לתואר שלישי. המעבר לנתיב המחקרי בהתאם להישגי הסטודנטים ולאישור ועדת המוסמכים המחלקתית והפקולטית. שפה זרה שנייה (מעבר למכסת הנקודות בתואר) תידרש בהתאם לתחום התמחות הסטודנטים ו/או המחקר ובהתאם להמלצת המנחה. עבודת גמר על הסטודנטים בנתיב המחקרי להגיש הצעה פורמאלית של תוכנית עבודת גמר חתומה על ידי המנחה אשר תאושר על ידי ועדת המוסמכים של המחלקה במהלך השנה הראשונה ללימודים. מטרתה להוכיח את יכולותיהם של הסטודנטים לכתוב עבודה מדעית המושתתת על מקורות ראשוניים ועל המחקר הקיים. עבודת הגמר (בהיקף של 80 עמודים) תוגש לשיפוט בתום השנה השנייה ללימודים. בהתאם להתקדמות במחקר והמלצת מנחה וועדת מוסמכים מחלקתית תאושר הגשת עבודת גמר לשיפוט עד תום השנה השלישית ללימודים.