אבני הדרך להתקדמות תלמיד לתואר שני במחקרו הם: קביעת מנחה, הגשת תכנית מחקר, הגשת דוח התקדמות, הגשת עבודת גמר לשיפוט ובחינת גמר. בנוסף, חייב התלמיד לעמוד בתכנית הלימודים שנקבעה עבור התחום בו הוא לומד. התלמיד חייב לעמוד בתכנית הלימודים כפי שנקבעה בשנת הלימודים בה החל את לימודיו לתואר השני.
 
1.pngקביעת מנחה
תלמיד נדרש להעביר טופס קביעת מנחה​ למזכירות מוסמכים עד תום הסמסטר הראשון ללימודיו. המנחה יהיה חבר סגל בפקולטה למדעי הבריאות. בנוסף, ניתן למנות מנחה או יועץ מחקר מתחום(מחלקה) אחר, מפקולטה אחרת או ממוסד אחר. קביעת המנחה צריכה לעבור אישור יו"ר ועדת תלמידי מחקר.

2.pngהגשת תכנית מחקר
תלמיד נדרש להגיש תכנית מחקר בתום הסמסטר השני ללימודיו​. תכנית המחקר צריכה להיות בהיקף של עד שלושה עמודים (לא כולל רשימת מקורות) ולכלול את הסעיפים הבאים: נושא המחקר, רקע מדעי, מטרת המחקר, שיטות ותכנית לביצוע המחקר, תוצאות ראשוניות, רשימת מקורות. לתכנית המחקר יש לצרף טופס נילווה ובו נושא המחקר​ ​בעברית ובאנגלית, חתימת התלמיד וחתימת המנחים. 

3.pngהגשת דו"ח התקדמות
תלמיד נדרש להגיש דו"ח התקדמות בכתב בתום הסמסטר השלישי ללימודיו . הדו"ח צריך להיות בהיקף של עד שלושה עמודים (לא כולל רשימת מקורות) ולכלול את הסעיפים הבאים: נושא המחקר, רקע מדעי, מטרת המחקר, תיאור תוצאות שהושגו, פירוט יעדי מחקר לסמסטר הרביעי, רשימת מקורות, חתימת התלמיד וחתימת המנחים.​

4.pngהגשת עבודת גמר​
בתום סיום חובות הקורסים לפי תכנית הלימודים הנדרשת והשלמת כתיבת עבודת המחקר יש להגישה למזכירות מוסמכים חתומה על-ידי המנחים. את העותקים המוגשים לשיפוט אין לכרוך, אלא להגיש כל עותק בניילון שקוף. במידה שיש מנחה אחד יש להגיש 4 עותקים לשיפוט. במידה שיש שני מנחים, יש להגיש 5 עותקים לשיפוט.
 
5.pngתהליך השיפוט ובחינת גמר
עם הגשת עותקי עבודת הגמר לשיפוט למזכירות מוסמכים ייבדק תדפיס הלימודים של התלמיד. לאחר אישור רשימת השופטים תשלחנה התיזות לשופטים. בקשות לתיקונים שיתקבלו מהשופט יועברו על-ידי מזכירות מוסמכים לתלמיד. עם קבלת חוות הדעת מכל השופטים יתואם מועד לבחינת גמר. תיאום מועד בחינת הגמר נעשה באחריות יו"ר ועדת השופטים.