פעילות המו"פ בתחומי האלקטרו אופטיקה והפוטוניקה התעצמה מאד בשנים האחרונות עם פריסתן של טכנולוגיות אלו על פני מגוון רחב ביותר של צרכי החיים, החל  מתקשורת  ומערכות דימות בתחום נרחב של אורכי גל, עבור למערכות צגים ומערכות אופטו-רפואיות וכלה ביישומים  אופטיים לעיבוד אותות ותמונה. טכנולוגיות אלו מהוות חלק נכבד מפעילות הפיתוח של תעשיות עתירות מדע בארץ ובעולם.

אוניברסיטת בן-גוריון בנגב הינה הראשונה בארץ המציעה תכניות לימודים באלקטרואופטיקה לתארים גבוהים. המגוון הרחב של המקצועות מיועד לאפשר לבוגרי תכניות אלו להשתלב בתעשייה המתפתחת בארץ, ולשמש בתפקידי מחקר בתחומים אלו בארץ ובעולם. 

תואר שני (M.Sc.)

החוג להנדסת אלקטרואופטיקה בבית הספר להנדסת חשמל ומחשבים מקיים לימודים לקראת התואר "מגיסטר בהנדסת אלקטרואופטיקה" בשני מסלולי לימודים: מסלול עם תזה מורחבת ומסלול עם פרויקט גמר. תכנית הלימודים פתוחה לבוגרי מחלקות הפקולטה למדעי ההנדסה או לבוגרי מחלקות הפקולטה למדעי הטבע.

תכנית הלימודים כוללת נושאי טכנולוגיה עילית (היי- טק), כגון: תקשורת אופטית בסיבים, תקשורת מחשבים, תקשורת לוויינים אופטית, עיבוד נתונים אופטי, אופטיקה ביו-רפואית , מצלמות חכמות , דימות תלת-ממדי, דימות תרמי, דימות היפרספקטראלי, עיבוד והבנת תמונה, צגים ומאפנני אור מרחביים ופואטוניקה משולבת. כמו כן, התכנית מציעה מספר תחומי התמחות אפשריים: מערכות דימות ועיבוד תמונה. אופטיקה ביו-רפואית, אופטיקה קוונטית ולייזרים. תקשורת אופטית. התקנים אופטו-אלקטרוניים להדמאה וצגים. ננפוטוניקה,פלסמוניקה ופוטוניקה משולבת. במסגרת הלימודים נדרשים הסטודנטים ללמוד קורסים מתקדמים בתחומי ההתמחות השונים.