הארכיון הוקם ביוזמתו של דוד טוביהו, ראש העיר הראשון של באר-שבע (1960-1950) ומיוזמי הקמת אוניברסיטת בן-גוריון בנגב.

הארכיון פתוח לחברי האוניברסיטה ולקהל הרחב ופועל במסגרת הספרייה המרכזית ע"ש זלמן ארן. הארכיון מתמקד בתחומים הבאים: איסוף חומר תיעודי אודות הנגב בתקופות שונות, בעיקר מראשית המאה ה-20 ואילך, כאשר הדגש הוא על ההתיישבות היהודית. החומר כולל תעודות מארכיונים מוסדיים ואישיים, אוסף תמונות המכיל כ-13,000 פריטים, מפות, מקומונים, קטעי עיתונות ועוד, רוב המסמכים וכל התצלומים נסרקו והועלו לאתר הספרייה בקטלוג אלף.