מרכז הידע הלאומי למחלות נדירות / יתומות יציע את כל מהלך האנליזה הביואינפורמטית, משלב קבלת הרצפים הגולמיים ממעבדת הריצוף ועד יצירת דו"חות סיכום, תוצאות ותיעוד. השירות יכלול אנליזות של ריצוף Exome, ריצוף גנום מלא, וכן ניתוח נתונים של גישות נוספות המסייעות להבנת מנגנוני הפעולה של המוטציות הגורמות למחלות, כגון: RNA-Seq, miRNA-Seq, ChIP-Seq, DNAse-Seq, MAS-Spec proteomics profiling ועוד.
בנוסף, המרכז יציע ניתוח תוצאות שבבי דנ"א המיועדים לצמצם את אזור התאחיזה שאליו ממופה הגן הקשור למחלה, על ידי אנליזות Linkage & homozygosity mapping.
בתחילת העבודה תוגש לחוקר תוכנית עבודה מפורטת והערכת שעות לביצוע.
מהלך ניתוח נתונים אופייני של תוצאות ריצוף אקסום וגנום כולל את השלבים הבאים:
- בדיקות איכות קפדניות של הרצפים הגולמיים.
- זיהוי וריאנטים, תוך אנליזה בו זמנית של דגימות החולים ודגימות הביקורת. תינתן אפשרות לזהות SNPs, CNVs וכן וריאנטים סטרוקטורליים אחרים (SVs).
- אנוטציה של הוריאנטים המתקבלים, וחיזוי ההשפעה שלהם על תיפקוד הגן ועל רמת הפגיעה בו.
- סינון הוריאנטים ודירוגם על פי סדר קדימות לפי תרומתם המשוערת למחלה.
סינון ודירוג הוריאנטים מתבצע על סמך מספר שיקולים, ונעשה תוך שילוב של אנליזות אוטומטיות ועבודה ידנית. בין השיקולים נמנים:
- רמת המהימנות של זיהוי הוריאנט.
- השוואה למאגרי מידע ומאמרים אודות גנים ווריאנטים הידועים כקשורים למחלה הנחקרת.
- השוואה למאגרי מידע אודות גנים הקשורים למחלות באופן כללי.
- תדירות הוריאציה שנמצאה באוכלוסיה הכללית, הרלוונטית לפרטים שנבדקו.
- תדירות הוריאציה שנמצאה באוכלוסיה המקומית, כולל השוואה למאגר מידע של אקסומים/גנומים שנותחו במרכז הידע.
- חיזוי ההשפעה ה"הרסנית" של הוריאנט מבחינת תפקוד הגן בו הוא נמצא או שאותו הוא מבקר.
- השוואה למאגרי מידע של ביטוי גנים ברקמות אנושיות.
- המיקום הגנומי של הוריאנט ביחס לאזורי הומוזיגוטיות או linkage שנמצאו בשיטות אחרות, כגון שבבי דנ"א.
- ההקשר הביולוגי של פנוטיפ המחלה והסימפטומים.
בסיום ניתוח הנתונים יישלח לחוקר דו"ח מסכם עם הפניה לקבצי התוצאות וכן תיעוד של האנליזה שבוצעה ברמת פירוט המקובלת בסעיף "שיטות וחמרים" של מאמרים מדעיים. בנוסף, תיערך פגישה עם החוקר לצורך הסבר התוצאות ודיון באפשרויות לאנליזות המשך.
יש להדגיש כי התוצאות הן על בסיס מדעי\מחקרי ולא קליני. טרם שימוש קליני יש לאמת את הממצאים במעבדה קלינית.
