ביה"ס למדעי המעבדה הרפואית נוסד בשנת 1997 כחלק מן הפקולטה למדעי הבריאות באוניברסיטת בן-גוריון בנגב. ביה"ס מכשיר סטודנטים ברמה הגבוהה ביותר, בתחומי מדעי הרפואה בכלל ומדעי המעבדה הרפואית בפרט. המסגרת הלימודית מספקת הוראה ייחודית, מכוונת ומשלימה המכשירה את התלמידים לעבודה מקצועית ומיומנת בתחומי המחקר הרפואי והמעבדה הרפואית, וליכולת התמודדות עם הצפוי בעתיד. פיתוחים חדשים בתחום האימונולוגיה, הביוכימיה, ביולוגיה של התא, ביולוגיה מולקולרית והנדסה גנטית, תוך שימוש בשיטות מולקולריות וביוטכנולוגיות חדישות מחד, והנטייה הכלל עולמית לריכוזיות בדיקות במכונים מרכזיים גדולים, תוך ניצול מרבי של המשאבים הפיננסים, מחייבים גישה שונה וחדשנית בתחום המחקר הרפואי והרפואה המעבדתית. שינוי זה מחייב גישה שונה למקצוע, שכן בעוד העבודה הטכנית הצטמצמה, צפו ועלו בעיות המחייבות תהליכי בקרה ובקרת איכות הדוקים. ריכוזיות מערכות הבדיקה במרכזים ארציים, שימוש במכשור יקר ומתוחכם, וביזור של נושא הרפואה על כל סעיפיו מחייבים פיתוח גישה חסכונית, מהירות בתפעול ובאספקת מידע ומעל לכל מיומנות, מהימנות וביקורת איכות גבוהה ביותר של מערכות הבדיקה. מסגרת לימודים זו מיועדת לענות לדרישות חדשות מעובדי המחקר הרפואי והמעבדות הרפואיות, המחייבות לא רק שליטה מושלמת בתפעול מכשור אלקטרוני חדיש, אלא גם הכרה מרבית של גורמי המחלה, הביולוגיה והאפידמיולוגיה שלהם, והבסיס הביוכימי/מולקולרי לאלימותם ופולשנותם. הם נדרשים לבקר את נחיצות הבדיקות, חיוניותן, ומשמעותן.
 
המסגרת הלימודית נותנת רקע נרחב ביותר בתחומי הרפואה הבסיסיים והרפואה המעבדתית כאחת. היא כוללת 145 שעות לימוד שהן מעבר למכסה הקיימת במדעי הטבע (כ- 122 שעות), כך שהלימודים בתחומים הרפואיים הם בתוספת לבסיסיים ולא במקומם. מעבר לכך, ההשתלמות (סטאג') במשך 500 שעות (כוללת פרויקט מחקר מדעי והתנסות מעשית), היא חלק בלתי נפרד ממסגרת לימודים זו. השתלמות זאת לא רק מרחיבה את הדעת, וחושפת את התלמידים לדרך שבה נערך מחקר מדעי ומתנהלת מעבדה רפואית, אלא גם חושפת אותם למוסדות ולמכונים מחקריים ורפואיים שונים, דבר שמקל על התלמידים באשר להמשך הלימודים/עבודה במוסדות אלה. הכוונה היא כי התלמידים יהוו את דור ההמשך שינהל ויצעיד את המערכת הרפואית, המחקרית  והמעבדתית. המסגרת מעניקה תואר בוגר במדעי המעבדה הרפואית (B.Med.L.Sc.) ומאפשרת לתלמידים המשך לימודים לתארים גבוהים יותר ( M.Sc.ו- Ph.D.) בכל מכוני המחקר האקדמיים בארץ ובעולם. סטודנטים מצטיינים יוכלו להירשם למסלול הישיר לתואר שני במדעי הרפואה, כבר משנה ג' ללימודיהם לתואר הראשון. מעבר לכך, המסיימים רשאים גם להשתלב מיידית בכלל ענפי התעשייה הכימית/ביולוגית, ואלה המעוניינים במקצועות הוראה בביולוגיה ובמדעי החיים בבתי ספר תיכוניים יכולים להשלים תעודת הוראה בדומה למתכונת הקיימת במדעי הטבע.
 
על פי התקנות החדשות של משרד הבריאות  שנכנסו לתוקף מפברואר 2005  רק בוגרי בתי הספר למדעי המעבדה הרפואית זכאים לרישיון עבודה בתום לימודיהם. כל האחרים מחויבים בתקופת התנסות (סטאג') ובבחינה לשם קבלת רישיון זה. מגבלות אלה אך מגבירות את ייחודיות בית הספר ומהווים נדבך חשוב באשר לקידום ופיתוח מערכת הבריאות הכללית בארצנו.
 
במהלך 16 שנות הלימודים האחרונות מאז הוקם ביה"ס, 556 תלמידים סיימו את התואר הראשון ועוד כ- 140 תלמידים נוספים לומדים עתה בשנים א' ב' ו- ג'. מכלל התלמידים שסיימו את לימודיהם, כ- 70% המשיכו לתואר M.Sc.  וללימודי Ph.D.. כמו כן מצטייני ביה"ס אשר עמדו בתנאי הקבלה, לומדים כיום בבתי ספר לרפואה ולרפואה וטרינרית בכל רחבי הארץ.