המרכז הישראלי לחקר המגזר השלישי הוקם מכספי תרומה של האטלנטיק פילנטרופיז (Atlantic Philanthropies) שכיסתה את עלות הקמת המרכז ואת חמשת שנות קיומו הראשונות. בהערכה עצמאית שהזמינה הקרן לקראת סיום חמש השנים הראשונות לקיום המרכז, הוערך המרכז כבעל 'תפקיד ממריץ' בפיתוח הידע על המגזר השלישי בישראל, וניתנה הערכה רבה לתפקידו המרכזי במחקר ובהשפעה על הדיאלוג הציבורי.
בשנים האחרונות תומכת קרן מנדל בפעילות השוטפת של המרכז הישראלי לחקר המגזר השלישי.
