באוניברסיטת בן-גוריון בנגב מתקיימת ביקורת פנימית על פי חוק הביקורת הפנימית וחוק המועצה להשכלה גבוהה.
לביקורת הפנימית באוניברסיטה מאפיינים של ביקורת ציבורית בכך, שהיא אינה כפופה כלל להנהלת המוסד.
חוקת האוניברסיטה קובעת כדלקמן:"אין על המבקר מרות, אלא של הוראות הדין, החוקה והתקנון הכללי של האוניברסיטה".
עבודת הביקורת מתקיימת על פי תכנית עבודה שנתית המאושרת על ידי ועדת הביקורת של האוניברסיטה.
ועדה זו מורכבת מ- 9 אנשי ציבור, אשר רובם חברים בוועד המנהל של האוניברסיטה. בראש ועדת הביקורת יושב מר גדעון שני.
בנוסף לתכנית עבודה זו, מתקיימות על ידי צוות לשכת מבקר האוניברסיטה בדיקות שונות בעקבות תלונות שמתקבלות, או בעקבות כל צורך אחר.
דוחות הביקורת נדונים באופן שוטף בועדת הביקורת בנוכחות הנהלת האוניברסיטה.
בדיונים אלה מתקבלות החלטות בדבר אימוץ ויישום המלצות המבקר לתיקון הליקויים המוצגים בדוחות.
אחת לשנה מציג מבקר האוניברסיטה את הדוח השנתי שלו בפני הוועד המנהל, שמקיים דיון בממצאיו ובהמלצותיו.
