​הרקטור הינו הראש האקדמי של האוניברסיטה. בתפקידו זה הוא אחראי בפני הסנאט. בידיו כל הסמכויות הדרושות למילוי תפקידו בהתאם לחוקת האוניברסיטה והתקנון הכללי , וכן בהתאם לתקנון האקדמי. הרקטור נבחר בבחירות חשאיות ע"י חברי הסנאט למשך 4 שנים.

בכפיפות ישירה לרקטור נמצאים כל הגופים האקדמיים במוסד, כדלקמן:

  1. פקולטות- מדעי הרוח והחברה, מדעי הבריאות, מדעי הטבע, מדעי ההנדסה, ניהול, המכונים לחקר המדבר

  2. מכונים אוניברסיטאיים- המכון הלאומי לביוטכנולוגיה בנגב, מכון בן-גוריון לחקר ישראל והציונות, מכון אילזה כץ לננוטכנולוגיה, מכון הקשרים לחקר הספרות והתרבות היהודית והישראלית, המכון לביטחון החברה והמדינה, מרכזי מחקר

  3. קמפוס אילת​​

  4. בי"ס קרייטמן ללימודי מחקר מתקדמים

  5. ספריות- ספריית ארן, הספרייה הרפואית

  6. המזכירות האקדמית- המרכז ללימודים קדם אקדמיים, המרכז ללימודי חוץ, מרכז חוסידמן לנוער שוחר מדע, מדור חשבונות סטודנטים, מינהלת בחינות מערכת שעות ומס"ר

  7. דיקנאט הסטודנטים

  8. היחידה לקידום איכות ההוראה והלמידה

  9. תכניות מיוחדות-  התכנית האקדמית של קורס טיס, פרויקטים מיוחדים נוספים

  10. עבודה בשיתוף פעולה עם המשרד לקשרים אקדמיים בינלאומיים

בלשכת הרקטור מנוהלים נושאים מרכזיים הקשורים בסגל האקדמי, ביחידות האקדמיות ובתכניות הלימוד, כגון: מינויים וקידומים, תקנים, וועדות הערכה, קשרי חוץ, השתלמויות חו"ל, גמלאים פעילים, תמיכה בכנסים/ספרים, מעבר צה"ל דרומה ועוד.