מרכז אליישר מציע, החל משנה"ל תשע"א, מסגרת גג נוספת, חדשה, לחקר המזרח. מתוך פרספקטיבה על היהדות כהיסטוריה וכתרבות ינסה המרכז למצב מחדש את הדיסציפלינה של חקר המזרחיות.
הפרובלמאטיקה העיקרית בחקר המזרחיות היא שאלת הכלים להבניה מחדש, הבניה המשוחררת מהעיצוב האוריינטליסטי הבלתי-מודע של תכנים (תכני מוזיקה, ספרות, תיאולוגיה וכו'). המטרה היא לפתוח ערוצים ליהדות המזרח כעורכת את חילונה בכוחות עצמה ומתוך מבטה היא, ולא כתוצר של אכיפה בידי תרבות אחרת. הבעייתיות של מכונים לחקר המזרח שהתקיימו במסגרות שונות בעבר, היא שהם הוקמו ופעלו מתוך חשיבה הממדרת את המזרח אל "נישה" תרבותית, מתוך עיסוק באירכוב וקטלוג של חלק ממרכיביו. תפיסה זו התאימה להגדרתו של המזרח כסצנת-שוליים להיסטוריה ולתרבות היהודית, ולתפיסת העיסוק בו כפרויקט של שימוש במאפייניו האתניים – אוכל, מוסיקה, שפה לבוש. לעיתים קרובות, היו המתעדים עצמם "נגועים" במבט האוריינטליסטי.
מרכז אליישר המחודש מציע סוג חדש של שיח: מצד אחד – שיח המשוחרר מהחשיבה הממדרת, שאפיינה את חקר המזרח, ומצד שני – שיח שאינו פועל רק על פי סכמות הדיון הפוסט-קולוניאלי. זאת – משום שבמקרים רבים דיון מחקרי הנשען רק על כלים השאובים מן השיח הפוסט-קולוניאלי נידון גם הוא להתבסס על ארגון ממדר של חקר ההיסטוריה של יהדות המזרח. הלבשת פרדיגמות דיון פוסט-קולוניאליות שבה וחוסמת מכיוון אחר, חדשני ככל שיהיה, את ההעמדה מחדש של ההיסטוריה והתרבות של יהדות האיסלאם. דיון מבואי חדשני ביהדות ארצות המזרח צריך להיערך מתוך הגדרת נקודות הייחוס, מיפוי פערים ואנליזה של ההבניה התרבותית החברתית העכשווית, כאשר, מחד, מבוצע מיפוי חברתי עכשווי, ומאידך, מבוצע מיפוי קורפוס ספרותי על ידי השאלות העכשוויות החדשות האלה.
דומה שכיום הולכת ומתגברת המודעות לצורך בייצוג מחודש של המזרח, בעיקר ברמה היסטורית תרבותית. ההתמודדות עם הרעב התרבותי ועדכון המטרות וסדר היום של מכונים העוסקים בחקר ובשימור מורשת המזרח הם צו השעה.
מרכז אליישר מבקש להפוך למוקד תרבותי של עשייה יוצרת ברוח חדשה; הכוונה היא לפעול בשדה המחקר והתרבות הישראלי, תוך יצירת קשר עם קהילות יהודיות ברחבי העולם. המרכז מבקש לשמש אבן שואבת לפעילויות המוזיקאליות הקשורות בפיוט, במוזיקה של יהדות האסלאם, מוקד ריכוזי לחומרים אודיו-ויזואליים ולצורות שונות של תיעוד.
