המחלקה לכימיה הוקמה (במסגרת המכון להשכלה גבוהה בבאר-שבע) בשנת 1968 עוד בטרם החליטה ממשלת ישראל על הקמת האוניברסיטה בבאר-שבע (נקראה בראשיתה אוניברסיטת הנגב). בתחילת דרכה שמשה המחלקה לכימיה כמחלקת שרותי הוראה למחלקה להנדסה כימית והמחלקה לביולוגיה. נדרשה שנת פעילות ודיונים עם הנהלת האוניברסיטה על מנת לשכנע שאין עתיד למחלקה לכימיה כמחלקת שרותי הוראה בלבד. כתוצאה מכך החלו חלוצי המחלקה בגיוס חברי סגל צעירים על מנת למלא את צרכי ההוראה, לתכנן תחומי מחקר ובעיקר להכין תכנית למודים חדשנית בכימיה לתאר ראשון. ואכן, לאחר שנתים של עבודה מאומצת נפתחו למודי כימיה לתאר ראשון כאשר כמחצית מהקורסים היו חדשניים ולא היו קיימים בלמודי כימיה באוניברסיטאות בארץ. המחזור הראשון לתאר בוגר נפתח באוקטובר 1971. במקביל החלו למודי תאר שני ושלישי בחסות אקדמית של מכון ויצמן למדע, ולאחר מספר שנים, עם קבלת הכרה בלמודים מתקדמים באוניברסיטה, לא נדרשה חסות אקדמית חיצונית.

תחומי המחקר שנבחרו היו כאלה שהיו ברמת פעילות נמוכה (או לא היו קיימים) באוניברסיטאות אחרות בארץ על מנת לא להתחרות עם האמצעים הדלים שעמדו לרשות המחלקה עם המוסדות המבוססים, וביחוד להיות יחודיים על מנת למשך את טובי התלמידים מאוניברסיטאות אחרות.

מספר חברי הסגל במחלקה היה נמוך יחסית לעומת צרכי ההוראה בקורסי שרות רבים והוראת הכימיה בשלש הרמות, דבר שיצר עמס עבודה גבוה על חברי הסגל במשך תקופה ארוכה. רק לאחר כ – 20 שנה זכתה המחלקה בתוספת תקנים לחברי סגל צעירים דבר שהקל על העמס ובעיקר אפשר לפתח תחומי מחקר חדשניים בחזית המחקר ואפשרות להצטיידות נאותה. דבר זה הגביר את המשיכה של תלמידי מחקר מצטיינים למחלקה.

כל חברי המחלקה (פרט לאחד) היו צעירים בדרגות של מרצה ומרצה בכיר והופעל לחץ מצד ההנהלה האקדמית של האוניברסיטה לקלט פרופסורים מן המנין על מנת שינהלו את המחלקה. חברי הסגל הצעירים התנגדו לכך והצליחו להקים מחלקה ולנהל אותה ברמה גבוהה בשלשת התחומים של הוראה, מחקר ומנהלה. יחד עם זאת בלטה המחלקה והובילה במשך שנים בפעילות המחקרית, הן ברמת הפקולטה למדעי הטבע והן ברמה האוניברסיטאית – במספר הצעות מחקר שהוגשו ואושרו ע"י הקרנות השונות בארץ ובחו"ל והן בהקף הכספי של תכניות אלה שאושרו, ובו בזמן באיכות למודי הכימיה ברמות תאר בוגר, מוסמך ודוקטור בהשוואה לאוניברסיטאות בארץ.

פרופ' ארנון שני, ראש המחלקה 1972-1973 / 1978-1980