התוכנית לפסיכולוגיה במערכת החינוך באוניברסיטת בן-גוריון בנגב היא מהוותיקות והמובילות בארץ. מטרת התוכנית להכשיר פסיכולוגים, המתמצאים בתיאוריה ובמחקר המתייחסים ליישומי הפסיכולוגיה לחינוך. התוכנית מאפשרת התמקדות בכיוון מחקרי או בכיוון יישומי. התוכנית היישומית כוללת רכישת ידע והתנסות באבחון עבודה מערכתית ושיטות טיפול שונות, וכן הכשרה מעשית (פרקטיקום).

התוכנית ייחודית בכך ששמה דגש על הפן המערכתי בעבודת הפסיכולוג החינוכי. כלומר, אנחנומתמקדים ביכולת הפסיכולוג החינוכי לסייע לצוות החינוכי בשיפור אקלים בית הספר. נקודת ההנחה היא שלצד הידע הדר​​וש בעבודה מול ילדים והורים באופן פרטני, ישנה גם חשיבות מכרעת לעבודה מול מנהל וצוות.  

כפסיכולוגים חינוכיים תידרשו להתמחות בשכר בתחנות פסיכולוגיות חינוכיות (שפ"ח) של משרד החינוך, שם תמצאו "בית לגדול בו"​. לאחר ההתמחות, הפסיכולוגים החינוכיים בוגרי האוניברסיטה עובדים גם בשפ"חים וגם באופן פרטי.

תכנית הלימודים-

החטיבה היישומית-טיפולית: מטרת הלימודים בחטיבה זו היא להכשיר את בוגריה לעבודה כפסיכולוגים חינוכיים במערכות חינוכיות שונות. תוכנית הלימודים מתמקדת בנושאי היסוד של הפסיכולוגיה החינוכית, תוך דגש על נושאים הקשורים לקידום התפתחות פסיכולוגית ורווחה נפשית במערכות החינוך; הערכה ומניעה של קשיים תפקודיים ורגשיים באוכלוסיית התלמידים בכלל ובקבוצות סיכון בפרט; איתור והתערבות טיפולית בילדים הסובלים מתפקוד לקוי או מצוקות רגשיות.

במסגרת הלימודים ניתנת לתלמידים ראייה אינטגרטיבית של פעילות הפסיכולוג החינוכי בתוך המערכת הבית ספרית ובמערכות הסובבות אותו (משפחה, קהילה, חברה, וכו') תוך התמקדות על תהליכים התפתחותיים, רגשיים, קוגניטיביים, חברתיים, מוטיב ציוניים ואחרים. התכנית היישומית עומדת בדרישות של הועדה המקצועית של מועצת הפסיכולוגים במשרד הבריאות ובסיומה ניתן להתחיל בתהליך התמחות בתחום הפסיכולוגיה החינוכית.

חטיבה מחקרית: מטרת החטיבה המחקרית היא להכשיר סטודנטים בעלי אוריינטציה מחקרית אשר מעוניינים להמשיך במחקר פסיכולוגי בתחום החינוכי או מעוניינים לפתח את התמחותם  ללימודי דוקטורט בתחום. במסגרת מסלול זה ניתנת לסטודנטים הזדמנות להעמקת הידע בהיבטים מחקריים שונים בתחומי הפסיכולוגיה החינוכית ולפיתוח יכולותיהם המחקריות. תוכנית הלימודים בחטיבה המחקרית תגובש בשנה הראשונה יחד עם יועץ מטעם המסלול ותתואם באופן אישי לכל סטודנט.

חשוב! תוכנית הלימודים בחטיבה המחקרית אינה כוללת את הקורסים המכשירים פסיכולוגים חינוכיים יישומיים ושקורסים אלו אינם פתוחים לתלמידי החטיבה.