המחלקה למקרא ארכיאולוגיה ומזרח קדום מקיימת תכנית לימודים לדוקטורט בהתאם לתקנון הכללי של האוניברסיטה. ניתן ללמוד לקראת דוקטורט בשלושה מסלולים: מסלול רגיל, מסלול משולב ומסלול ישיר.

למסלול הרגיל יכולים להגיש מועמדות בעלי תואר שני מחקרי במקרא, היסטוריה מקראית או בארכיאולוגיה שממוצע ציוני הקורסים שלהם בתואר השני 88 לפחות וציון התיזה שלהם 90 לפחות. חריגים יובאו לדיון בועדת הקבלה המחלקתית לתואר שלישי. על המועמד להידבר עם מנחה מסגל המחלקה ולהחליט איתו על נושא עבודת הדוקטורט.  בעלי תואר שני מחקרי בתחומים קרובים רשאים להגיש מועמדותם והיא תישקל על בסיס אישי על ידי ועדת תלמידי מחקר של המחלקה, ויידרשו ממנו לימודי השלמה בהתאם .

 
למסלול המשולב יכולים להגיש מועמדותם תלמידים לתואר שני מחקרי במקרא או בארכיאולוגיה שסיימו את כל חובות השמיעה לתואר שני והחלו לכתוב את עבודת הגמר. המעבר למסלול זה מותנה באישור המנחה וועדת המוסמכים של המחלקה.
 
למסלול הישיר  יכולים להגיש מועמדות מצטיינים  בעלי תואר בוגר במקרא או בארכיאולוגיה שממוצע ציוניהם הוא 90 לפחות.
המתקבלים ילמדו ישירות לתואר שלישי.
על תלמידי הדוקטורט חלה חובת השתתפות בסמינר המחלקתי.
כל תלמיד חייב לשמוע לפחות שני קורסים (8 נק"ז) ולהכין עבודת דוקטורט בהנחיית מנחה מהמחלקה למקרא, ארכיאולוגיה ומזרח קדום ובפיקוחו. חובות התלמיד ייקבעו על ידי המנחה וועדת הבדיקה של הצעת המחקר.
 
קבלת תלמידים בעלי מ"א כללי
תלמידים בעלי מ"א כללי המעוניינים בלימודי הדוקטורט במחלקה יתקבלו כתלמידים במעמד "משלים".
קבלת תלמיד במעמד "משלים" אינה מהווה התחייבות לקבלה לדוקטורט.
 
תנאי קבלה והשלמות:
תנאי קבלה :
תלמידים בעלי מ"א במקרא, היסטוריה מקראית או בארכיאולוגיה עם ציון ממוצע  90 לפחות.
 
השלמות:
עבודה שוות ערך לתזה.