​​תכנית הלימודים לתואר השני - מגיסטר M.Sc. בהנדסת מערכות מידע מיועדת להכשיר אנשי מקצוע לעסוק במחקר, תכנון, פיתוח וניהול של מערכות מידע. 

התכנית מיועדת בעיקר לבוגרי הנדסת מערכות מידע, הנדסת תוכנה, הנדסת נתונים והנדסת מערכות תקשורת, אך היא פתוחה גם לבוגרים מצטיינים מהנדסה ומדעים אחרים הקרובים לתחום מערכות מידע.

זכאים להירשם לתכנית התואר השני בהנדסת מערכות מידע, בעלי תואר ראשון ממוסד אקדמי מוכר בארץ או בחו"ל בהנדסת מערכות מידע, או מדעי המחשב, או הנדסת תכנה, שסיימו בציון ממוצע 80 לפחות. כן זכאים להירשם בעלי תואר ראשון ממוסדות כנ"ל במדעי ההנדסה והטבע שסיימו בהצטיינות יתרה או בראש המדרג. המתקבלים לתכנית שאינם בוגרי תואר ראשון בהנדסת מערכות מידע מחויבים להשלים קורסים מתואר ראשון בהתאם ללימודיהם הקודמים – לפי קביעת וועדת ההוראה.

התנאים שתוארו לעיל הם תנאי לרישום; וועדת הקבלה רשאית לדרוש עמידה בתנאים נוספים, כגון: מדרג המועמד ביחס לבוגרים אחרים שלמדו לאותו תואר,ניסיון מקצועי של המועמד ועוד.

תכנית הלימודים לתואר השני כוללת קורסי השלמה מתכנית התואר הראשון (לפי תנאי הקבלה של כל תלמיד), 8 קורסי תואר שני בהיקף 24 נק"ז וכתיבת תזה (עבודת מחקר) שמשקלה 12 נק"ז. בנוסף, התלמיד נדרש להשתתף בסמינר מחקר של המחלקה להנדסת מערכות מידע ולהציג במסגרת הסמינר את מחקרו.​

למידע נוסף ניתן לקרוא בהרחבה בשנתון.