סדנה: עבודה בחבילת QIIME לניתוח תוצאות ריצוף של סמנים גנטיים בדגימות מטאגנומיות
 
19-20 בדצמבר, 2016
 
האולם ע"ש דה פיצ'וטו, המכון הלאומי לביוטכנולוגיה בנגב, אוניברסיטת בן-גוריון
מרצה: ד"ר מנחם סקלרץ, היחידה לביואינפורמטיקה
 
אחת השיטות לאיפיון מיקרואורגניזמים בדגימה היא לרצף סמן גנטי מסויים מכל האורגניזמים. במהלך השנים, פותחו סמנים גנטיים ספורים עבור סוגי אוכלוסיות שונות, כגון 16s rRNA לחיידקים ו- 18S rRNA ו- ITS לפטריות. באמצעות הרצפים, ניתן לקבל איפיון של הרכב האורגניזמים בדגימות השונות. בצורה זאת, ניתן לבדוק השפעות של גורמים שונים על הרכב האוכלוסיה. בנוסף, ישנם היום כלים המאפשרים איפיון פונקציונאלי של האוכלוסייה על סמך הרכבה.
 
QIIME (מבוטא "צ'יים") היא חבילת תוכנות פופולארית לניתוח תוצאות ריצוף של סמנים גנטיים בכלל וגן 16S בפרט. החבילה עובדת בסביבת לינוקס ומהווה "דבק" בכך שהיא מחברת יחדיו תוכנות רבות אחרות.
 
בסדנה זו נלמד איך להשתמש ב- QIIME לביצוע אנליזות סטדנדרטיות. כמו כן, נכיר שיטות מתקדמות לניתוח סטטיסטי של התוצאות המתקבלות.
 
פירוט הנושאים שילמדו:
 
1.       הקדמה קצרה לעבודה בלינוקס. עדיף שהמשתתפים יעברו על הקדמה בסיסית ללינוקס לפני הסדנה, כגון באתר הזה.
2.      בדיקות איכות על תוצאות הריצוף הגולמיות (איכות ריצוף, מציאת כימרות)
3.      הכנת הרצפים לאנליזה ב- QIIME (חיבור קצוות, המרת פורמט).
4.     הרצת אנליזה בסיסית: חלוקה ליחידות טקסונומיות, זיהוי היחידות, בניית multiple sequence alignment, בניית עץ פילוגנטי ובניית טבלת BIOM.
5.      בסיסי נתונים המשמשים לזיהוי החיידקים ולבניית multiple sequence alignment.
6.      אומדנים של מגוון: מגוון האורגניזמים בדוגמא (Alpha diversity) והבדלים במגוון בין הדגימות (Beta diversity).
7.      עריכת מבחנים סטטיסטיים לזיהוי חיידקים וקבוצות טקסונומיות ששיעורם שונה בצורה מובהקת בין הדגימות שנבדקו (Differential abundance)בין הדגימות שנבדקו (Differential abundance)
8.      אנליזות מתקדמות ככל שהזמן יאפשר, כגו Functional analysis, network analysis, classification  ועוד.
 
 
מסגרת הסדנה:
 
הסדנה תיערך בתאריכים 19-20.12.2016 באולם הכנסים ע"ש דה פיצ'וטו, בנין 39 חדר 106, אוניברסיטת בן-גוריון בשעות:
 
יום ב' 19.12: 10:00-13:00
​ 14:00-16:00​
יום ג' 20.12:​ 11:00-13:00​
​ 14:00-16:00​
 
היקף הסדנה: 9 שעות אקדמיות.
 
הסדנה תועבר בעברית ותכלול הדרכה תאורטית ועבודה מעשית (hands-on) על נתונים לדוגמא.
הסדנה לא תקנה נקודות זכות אקדמיות.
 
עלות הסדנה:
 
ההשתתפות בסדנה כרוכה בתשלום מראש:
 
אוניברסיטת בן-גוריון  (תשלום דרך מערכת "תפנית"):​ 405 ש"ח למשתתף​
מוסדות אקדמיים אחרים:​ 495 ש"ח למשתתף ​
תעשייה:​ 1,170 ש"ח למשתתף​
 
 
להרשמה:
 
יש לשלוח מייל למנחם סקלרץ, sklarz@bgu.ac.il