תלמידי דוקטורט באוניברסיטת בן-גוריון מתקבלים ישירות על ידי בית-ספר קרייטמן ולא על ידי המחלקות (למידע נוסף יש להסתכל באתר של קרייטמן). עם זאת, תלמידי דוקטורט חייבים למצוא מנחה שיעבוד איתם עוד לפני הפנייה לקרייטמן.

במסגרת לימודי התואר השלישי במחלקה ללימודי המזרח התיכון נדרשים הסטודנטים לקחת קורסים בהיקף של עד 10 נק"ז ולכתוב דיסרטציה על פי הקריטריונים הנדרשים.
 

ללימודי דוקטורט יתקבלו תלמידים שסיימו תואר שני עם תזה (או תואר מקביל באוניברסיטאות אחרות) בציון 90 ומעלה במחלקה רלוונטית, לאחר ראיון קבלה עם ראש ועדת תארים מתקדמים ולאחר שלפחות אחד מן המרצים הבכירים במחלקה הביע את הסכמתו להנחיה בעבודת הדוקטורט.
 

בהעדר תזה בתואר השני ניתן להשלים את עבודת התזה כתנאי מקדים להתקבלות לדוקטורט, לאחר ראיון קבלה עם ראש ועדת תארים מתקדמים והסכמת מרצה בכיר במחלקה להנחיה.
 
תלמידים שאינם יודעים שפה מזרח-תיכונית מלבד עברית יידרשו במהלך לימודי הדוקטורט להגיע לרמת פטור לפחות בלימודי ערבית, תורכית או פרסית, או בשפה מזרח תיכונית אחרת כלשהי באישור ועדת התארים המתקדמים.

במקרים מיוחדים יתאפשר מסלול ישיר מן התואר הראשון לעבודת הדוקטורט, על פי הכללים הנהוגים בפקולטה.

 

אפשרות נוספת היא מסלול משולב, שבו מתחיל/ה התלמיד/ה לכתוב את עבודת התזה לתואר השני, ולאחר בדיקה הוא/היא עובר/ת ללימודי תואר השלישי גם כאן יש להקפיד על הכללים הנהוגים בתקנון הפקולטה.