ב- 21 למרץ 1973 החליטה המועצה להשכלה גבוהה בישראל (המל"ג) בראשות שר החינוך דאז יגאל אלון על הקמתו של בית ספר לרפואה , הרביעי בישראל, במסגרת אוניברסיטת בן גוריון בנגב ובשיתוף עם שרותי בריאות כללית ( קופת החולים הכללית) והמרכז הרפואי סורוקה. יוזמי הקמת בית הספר היו פרופ' חיים דורון, מנכ"ל קופת החולים הכללית ופרופ' משה פריבס נשיא אוניברסיטת בן גוריון בנגב. ההחלטה על הקמת בית הספר נפלה על חודו של קול, יגאל אלון – בעד. 9 בעד 8 נגד 3 נמנעים בעד הקמת בית הספר. הקול המכריע היה של שר החינוך יגאל אלון שתמך ביוזמה. החלטת אלון בעד הקמת בית הספר סיימה מהלך רב שנים בו לקחו חלק אנשי העיר באר שבע בראשות דוד טוביהו, ראש העיר, שפעלו רבות להקמת האוניברסיטה ובית הספר לרפואה בו. 

 

דורון ופריבס מייסדי בית הספר שמו לעצמם כמטרה לייצר דור חדש של רופאים בעלי גישה אנושית ורגישה יותר לחולה, המתייחסת גם לסביבתו ולמשפחתו בטיפול בו. בי"ס שמטרתו לייצר רופאים בעלי אוריינטציה קהילתית גבוהה יותר. עקרונות אלו באו לידי ביטוי בתכנון תכנית הלימודים ומבנה בית הספר. אופי תנאי הקבלה לבית הספר, הכנסת תכני מדעי החברה וההתנהגות בלימודים הפרה קליניים, שיטות למידה כמו Problem based learning והכנסת המפגש הקליני משנתו הראשונה של בית הספר ובכך לקיים למידה שהיא Patient oriented, היוו רק חלק מהתוכניות כיצד ליישם את החזון הזה. בבניית תכנית הלימודים,  ננקטה גישה מקיפה שביסודה היחס לקהילה לא נמדד רק בהיבט רפואי, אלא גם בהיבטים חברתיים כגון מבנה חברתי, מעמד סוציו-אקונומי ותוכניות חינוכיות . בוגר בית הספר לרפואה המיועד ירכוש יכולות לזהות את האתגרים הבריאותיים וחברתיים של הקהילה סביבו מעבר לעקרונות הטיפול הרפואי ויהווה עמוד תווך חינוכי לאוכלוסייה בה הוא חי על מנת לשפר את בריאותם. בית הספר לרפואה בשנותיו הראשונות התעצב תוך כדי תנועה ונעשתה חשיבה מחודשת ובנייה מחודשת של התכנים על מנת לעמוד ביעדים אלו. 

​ 

במהלך שנות קיומו של בית הספר לרפואה הוטבע מושג המתאר את אופיו הייחודי – "רוח באר שבע". משג זה חובק בתוכו את האופי המוכוון לקהילה של בית הספר ויותר מזה, של התלמידים הלומדים בו.  בשנתו השנייה של בית הספר הוקמה גם אגודת סטודנטים לרפואה אסר"ן אשר לקחה על עצמה בנוסף לתפקידיה כאגודת סטודנטים, לתמוך ולסייע בהטמעת יעדי בית הספר הלכה למעשה גם בפעילותם החברתית של הסטודנטים ומעורבותם בקהילה.

משפט הפתיחה של דיקן בית הספר לרפואה בפני הסטודנטים ביולי 1974 במעמד פתיחת בית הספר , בא להבהיר את מקומם הייחודי של הסטודנטים בבית הספר לרפואה החדש וביעדיו העתידיים - "לא יהיה "אתה" ו"הם" בבית הספר הזה, אלא רק "אנחנו" " . מעורבות הסטודנטים בבית הספר החדש כללה את עיצוב הקורסים הנלמדים, את מישוב איכות ההוראה ואת לקיחת האחריות על בית הספר והקהילה, בית הספר "שייך" להם באותה מידה .  
 

​לרבות השנים הוקם גם מרכז לחינוך רפואי באוניברסיטת בן גוריון אשר בין יעדיו הוא הבחינה המתמדת של המטרות והיעדים עליו הוקם בית הספר.